病原体可以在环境内存活相当长的时间，假如表面没有恰当地清洁和消毒，这些病原体会传播给患者和医护人员造成严重的、可能致命的感染并发症。例如，诺如病毒，可以在干燥环境中存活3周时间，不动杆菌、葡萄球菌和艰难梭菌内芽孢生存时间更长，在某些情况下超过5个月。
病原体对消毒剂抵抗能力的降序排列的顺序，从抗力最强的微生物类型到最敏感的微生物类型：
细菌内生芽孢
在医疗环境中抗力最前的微生物是细菌的芽孢，革兰氏阳性菌具有形成内生芽孢的能力，非繁殖体的特点是具有防水的细胞壁，可以保护细胞干燥和被破坏。内生芽孢的表面可以极端对抗环境的压力如干燥和高热，以及化学消毒剂。目前在医院环境中抗力最强的细菌芽孢是艰难梭菌，艰难梭菌是革兰氏阳性菌，属于厌氧芽孢杆菌的微生物，仅在没有氧气存在的情况下会变得活跃起来，如在人体的肠道内，艰难梭菌以活跃生长的形式存在时会产生毒素造成艰难梭菌感染症状如腹泻、腹痛、发热和白细胞计数升高，当暴露于空气时，或任何不适于生长和繁殖的环境下，活跃生长的形式会转变为休眠状态以及形成内生芽孢。
艰难梭菌以内生芽孢的形式可以在环境表面上存活数周甚至数月之久，如需被再次激活，只要把芽孢吞下，然后逐渐移行至胃部，再到小肠，在到达结肠之前，是适宜生长的环境，芽孢将会萌芽开始生长和繁殖。
艰难梭菌的生长形式和医院其它细菌一样对消毒剂敏感，但艰难梭菌芽孢是很难灭活的，因为芽孢外披是具有恢复的能力。
根据生产厂家的标签的使用说明使用环保总署批准的可以控制艰难梭菌芽孢的表面消毒剂，为了确保艰难梭菌芽孢被杀灭，遵循标签的使用说明是非常重要的。
环保总署注册的可以杀灭艰难梭菌芽孢的消毒剂种类较少，只有氧化性化学消毒剂如过氧化类合物（过氧乙酸、过氧化氢）；以及漂白剂剧烈的消毒作用可以破坏芽孢外披以及灭活微生物。
分枝杆菌
分枝杆菌是需氧棒状分枝杆菌属，如结核分枝杆菌，分枝杆菌也属于对环境消毒剂抗力最强的微生物，因为细菌的最外层具有蜡样荚膜，归属于抗酸细菌，某些分枝杆菌菌属污染气管镜和其它侵入性医疗器械，很少考虑分枝杆菌会从硬物表面上传播。
在职业安全和健康管理局1990年发布血源性微生物标准之前，分枝杆菌在消毒剂标签被注明是最难杀灭的“标记微生物”，因为在那个时候不能测试HIV和HBV对消毒剂的抵抗能力，这种高度抗力的微生物被选择成为替代品，现在我们知道了血源性病原体对消毒剂敏感性，能够测试对消毒剂的抗力，对分支杆菌需求也就消失了。
小、无包膜病毒
小的、无包膜病毒如诺如病毒对大部分的消毒剂是极端抵抗的，尽管缺乏脂质包膜，这些微生物具有抗力很强的蛋白质病毒外壳，这些蛋白质外壳对亲脂性消毒剂（季铵盐化合物）和溶剂（酒精）是抵抗的，因为这个原因，诺如病毒具有高度传染性，是急性胃肠道感染的第二大常见原因，诺如病毒有很强抵抗水平可在医疗环境中保持数月的传染能力，对医疗环境的高抵抗能力和小剂量导致感染的能力-10个到100个病毒颗粒足以触发感染--可以解释为什么病毒会传播的如此迅速和广泛。
真菌
真菌是对消毒剂比较敏感的微生物种类，真菌包括霉菌和酵母菌，霉菌的芽孢是抗力最强的形式，通常和潮湿和建筑材料的破损相关，对于严重免疫缺陷的患者要高度重视这类微生物。
革兰氏阴性菌
在对消毒剂抵抗力降序排列的顺序中，革兰氏阴性菌是仅次于革兰氏阳性菌的，革兰氏阴性菌具有脂多糖和蛋白质的外膜，这是革兰氏阳性菌缺乏的，革兰氏阴性菌会成为环境卫生中最大的对手，因为目前缺乏可以治疗这些细菌感染的抗生素。
特别是鲍曼不动杆菌这种环境微生物天生就可生活在污垢和水中，可以在环境中存活数月，目前的报道也日趋频繁。
产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）革兰氏阴性菌也是环境中的一个威胁，因为这些细菌产生的酶可以让β-内酰胺酶抗生素失效，在出现的微生物中，肺炎克雷伯菌产碳青霉烯类（KPC）已经成为医疗机构的隐患。在过去的几年当中有几个爆发案例报道。
大、无包膜病毒
大的、无包膜病毒属于下一个对消毒剂敏感的微生物，尽管具有抵抗能力的蛋白质外壳，但大的尺寸（70-100 nm）使得比起小、无包膜病毒更加脆弱，轮状病毒既属于此列，在环境表面上非常轻易被灭活。
革兰氏阳性，繁殖体细菌
革兰氏阳性繁殖体细菌不是抗力很强的微生物，和革兰氏阴性菌相比，革兰氏阳性菌没有细胞外膜，使得对消毒剂敏感性更强，包括金黄色葡萄球菌，如MRSA(医院和社区菌株)和肠球菌属，如VRE。这些细菌在患者环境周围是非常常见的，易于传播会导致最频繁和致命的医院相关性感染，尽管治疗多重耐药革兰氏阳性菌感染很困难，大部分的环境消毒剂能够灭活硬体表面的微生物。
最敏感的微生物：包膜病毒
包膜病毒是对环境消毒剂最敏感的微生物，这些病毒包括脂质包膜，很容易被大部分消毒剂杀灭，一旦脂质包膜溶解，病毒核心处于暴露的条件下非常脆弱，例子包括血源性致病菌，如HIV、HBV、HCV
人类甲型流感病毒，另一种脂质包膜病毒，环境卫生污染关注的对象，因为它可以通过多种途径传播，包括：接触传播，无论是直接接触（接触受感染的人）或间接接触（接触被感染的人触摸过的物体）；飞沫传播（打喷嚏，咳嗽或说话说话产生的大的飞沫）；和空气传播（微小飞沫）。尽管这些微生物的严重性以及它们引起的疾病，他们相对容易被环境消毒剂灭活。
通常大家会担心抗生素耐药的微生物也变得抵抗消毒剂，但是抗生素和消毒剂对微生物作用方式不同，消毒剂针对微生物多个区域产生物理性破坏和干扰细胞代谢过程。微生物在实验室内对消毒剂抵抗力是因为反复使用低于致死剂量的消毒剂，有许多不同类型的消毒剂都会产生这种现象，环境消毒时对消毒剂稀释的溶度进行验证，同样保证环境表面有效消毒剂溶度才能产生理想的微生物杀灭效果。